Next-Generation-Sequencing am Campus Weihenstephan

Viele biologisch, agronomisch oder biotechnologisch wichtige Organismen sind genetisch nur unzulänglich charakterisiert. Sequenzier-Technologien der zweiten und dritten Generation ermöglichen die effiziente de novo Analyse von Genomen und Transkriptomen als auch die Re-Sequenzierung einer großen Anzahl von Individuen oder Mikrobiom-Analysen. Dadurch ergeben sich neue und moderne Ansätze für die Forschung. Die am Campus vorhandenen Möglichkeiten zur Sequenzierung werden gemeinsam vom Wissenschaftszentrum Weihenstephan für Ernährung, Landnutzung und Umwelt (WZW) und vom ZIEL - Institute for Food & Health (ZIEL) bereitgestellt. Zugriff auf weitere Geräte oder Sequenziermöglichkeiten bestehen über Kooperationen der Forschungseinrichtungen im Großraum München.

Ausstattung am Campus Weihenstephan

Am Campus sind folgende Sequenziergeräte von Illumina zu finden:

  • MiSeq (2x): Standort ZIEL - Core Facility Microbiome: 0.8-10 Gb und 15-25 Mio Reads zwischen 1x36 bp und maximal 2x300 bp, je nach Anwendung, hauptsächlich für Sequenzanalysen prokaryotischer Organismen
  • HiSeq2500: Standort Lehrstuhl für Tierzucht; 9-300 Gb und 0.3-3 Mrd Reads zwischen 1x50 und maximal 2x250 bp, hauptsächlich für Sequenzanalysen eukaryotischer Organismen oder große Probenzahlen

Über die Münchner Sequenzierinitiative besteht die Möglichkeit auch andere Geräte anzufragen: HiSeq3000, HiSeq4000, Novaseq oder Pacbio Sequel, usw.

Konzept von NGS@TUM

Die Nutzung dieser modernen Technologie ist für alle Arbeitsgruppen des Campus Weihenstephan, der Fakultät WZW, des ZIEL und selbstverstänlich auch fakultätsübergreifend an der gesamten TUM und darüber hinaus möglich.

Die Vorteile, die sich durch das Vorhandensein der Sequenziergeräte am Campus Weihenstephan ergeben sind:

  • hohe Flexibilität
  • kurze Wartezeiten
  • Vernetzung mit anderen Nutzern, möglicher Erfahrungsaustausch
  • geringe zusätzliche Kosten, da das Personal für die Bedienung der Geräte von den jeweiligen Lehrstühlen gestellt wird
  • Projektberatung (für Arbeitsgruppen mit geringer oder keiner Erfahrung mit NGS; Hilfe bei der Antragsstellung, Berechnung der Kosten, Konzipierung der Projekte)